Η ΜΕΤΑδραση, στο πλαίσιο της προστασίας των ασυνόδευτων ανηλίκων, δημιούργησε και λειτουργεί τα Κέντρα Φιλοξενίας Ασυνόδευτων Ανηλίκων στη Χίο και τη Σάμο.
Οι Δομές Φιλοξενίας της ΜΕΤΑδρασης αποτελούν έναν χώρο ασφαλή και κατάλληλα διαμορφωμένο για την ηλικία των ασυνόδευτων παιδιών. Οι εξειδικευμένες διεπιστημονικές ομάδες (ψυχολόγοι, κοινωνικοί λειτουργοί, ειδικοί παιδαγωγοί και νοσηλευτές) και το βοηθητικό προσωπικό, με τη στήριξη των διερμηνέων της ΜΕΤΑδρασης, προσφέρουν φροντίδα στα παιδιά, εξασφαλίζοντας την κάλυψη των καθημερινών τους αναγκών. Επίσης, παρέχονται ψυχολογική και κοινωνική στήριξη, ιατροφαρμακευτική περίθαλψη και νομική συμβουλευτική.
Το καθημερινό πρόγραμμα των παιδιών που φιλοξενούνται, εμπλουτίζεται με ποικίλες δραστηριότητες για την ψυχοκοινωνική τους ανάπτυξη και την ανάδειξη των δεξιοτήτων τους. Στις δομές οργανώνονται κοινωνικές, πολιτιστικές, ψυχαγωγικές και εκπαιδευτικές δράσεις.